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diff --git a/sci-libs/ccp4-libs/files/6.1.3-link-proberly.patch b/sci-libs/ccp4-libs/files/6.1.3-link-proberly.patch deleted file mode 100644 index 24a0a2d8e4a2..000000000000 --- a/sci-libs/ccp4-libs/files/6.1.3-link-proberly.patch +++ /dev/null @@ -1,230 +0,0 @@ ---- lib/src/Makefile.in 2009-03-02 17:53:15.000000000 +0100 -+++ lib/src/Makefile.in.new 2009-03-02 17:52:09.000000000 +0100 -@@ -172,9 +172,8 @@ - - ##### Makefile targets ###### - --all: fsplit $(LMMDB) $(LC) $(LF) $(SCRIPT_MODULES) -+all: fsplit $(LMMDB) LMMDB_SO $(LC) LC_SO $(LF) LF_SO $(SCRIPT_MODULES) - # maybe create shared library -- $(SHARE_LIB) - - $(LC) : $(CORELIBOBJS) $(CGENERALOBJS) $(CUCOBJS) $(CMTZOBJS) $(CMAPOBJS) $(CSYMOBJS) - $(AR) $(LC) $? -@@ -186,6 +185,27 @@ - $(AR) $(LF) $(FINTERFACEOBJS) - $(RANLIB) $@ - -+LMMDB_SO : -+ $(CC) $(COPTIM) -shared -Wl,-soname,libmmdb.so.0 -o libmmdb.so.0.0.0 \ -+ $(MMDBOBJS) && \ -+ ln -sf libmmdb.so.0.0.0 libmmdb.so.0 && \ -+ ln -sf libmmdb.so.0.0.0 libmmdb.so -+ -+LC_SO : -+ $(CC) $(COPTIM) -shared -Wl,-soname,libccp4c.so.0 -o libccp4c.so.0.0.0 \ -+ $(CORELIBOBJS) $(CGENERALOBJS) $(CUCOBJS) $(CMTZOBJS) $(CMAPOBJS) $(CSYMOBJS) && \ -+ ln -sf libccp4c.so.0.0.0 libccp4c.so.0 && \ -+ ln -sf libccp4c.so.0.0.0 libccp4c.so -+ -+LF_SO : -+ $(FC) $(FOPTIM) -shared -Wl,-soname,libccp4f.so.0 -o libccp4f.so.0.0.0 \ -+ parser.dir/*.o ccplib.dir/*.o lgglib.dir/*.o plot84lib.dir/*.o \ -+ libhtml.dir/*.o pxxml.dir/*.o rwbrook.dir/*.o cciflib.dir/*.o \ -+ harvlib.dir/*.o keyparse.dir/*.o dna_output.dir/*.o plotsubs.dir/*.o \ -+ modlib.dir/*.o fftlib.dir/*.o unix.dir/*.o pack_f.o pack_c.o $(FINTERFACEOBJS) && \ -+ ln -sf libccp4f.so.0.0.0 libccp4f.so.0 && \ -+ ln -sf libccp4f.so.0.0.0 libccp4f.so -+ - # cmtz library only - - cmtz: $(LCMTZ) -@@ -339,9 +356,7 @@ - fi - cd parser.dir && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f parser.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - parser : parser.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -351,9 +366,7 @@ - echo ' END' >> ccplib.dir/ccplib.$F - cd ccplib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/ccplib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f ccplib.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - ccplib : ccplib.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -364,9 +377,7 @@ - @$(SETFLAGS) ; \ - cd lgglib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/lgglib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- eval $(FC) -c $${lgglib_FLAGS-"$(FFLAGS)"} $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f lgglib.dir/*.o -+ eval $(FC) -c $${lgglib_FLAGS-"$(FFLAGS)"} $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - lgglib : lgglib.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -376,9 +387,7 @@ - echo ' END' >> plot84lib.dir/plot84lib.$F - cd plot84lib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/plot84lib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f plot84lib.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - plot84lib : plot84lib.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -388,9 +397,7 @@ - echo ' END' >> libhtml.dir/libhtml.$F - cd libhtml.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/libhtml.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f libhtml.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - libhtml : libhtml.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -400,9 +407,7 @@ - echo ' END' >> pxxml.dir/pxxml.$F - cd pxxml.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/pxxml.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f pxxml.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - pxxml : pxxml.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -412,9 +417,7 @@ - echo ' END' >> rwbrook.dir/rwbrook.$F - cd rwbrook.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/rwbrook.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f rwbrook.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - rwbrook : rwbrook.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -424,9 +427,7 @@ - echo ' END' >> cciflib.dir/cciflib.$F - cd cciflib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/cciflib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) -I$(srcdir) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f cciflib.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) -I$(srcdir) $$i; done - cciflib : cciflib.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -440,9 +441,7 @@ - && $(AR) ../$(LF) *.o ; else \ - cd harvlib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/harv_dummy.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) -I$(srcdir) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o ; fi -- rm -f harvlib.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) -I$(srcdir) $$i; done; fi - harvlib : harvlib.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -452,9 +451,7 @@ - echo ' END' >> keyparse.dir/keyparse.$F - cd keyparse.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/keyparse.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f keyparse.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - keyparse : keyparse.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -464,9 +461,7 @@ - echo ' END' >> dna_output.dir/dna_output.$F - cd dna_output.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/dna_output.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -I$(srcdir) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f dna_output.dir/*.o -+ $(FC) -I$(srcdir) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - dna_output : dna_output.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -474,10 +469,9 @@ - # for ipdisp. May be useful but could be moved. - $(LF)(pack_c.o): $(srcdir)/pack_c.c $(srcdir)/pack_c.h - $(CC) $(CFLAGS) $(SHARED_LIB_CFLAGS) -I$(srcdir) -c $(srcdir)/pack_c.c -- $(AR) $(LF) pack_c.o && rm pack_c.o -+ $(AR) $(LF) pack_c.o - $(LF)(pack_f.o): $(srcdir)/pack_f.f -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $(srcdir)/pack_f.$(F) && $(AR) $(LF) pack_f.o \ -- && rm pack_f.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $(srcdir)/pack_f.$(F) && $(AR) $(LF) pack_f.o - pack: $(LF)(pack_c.o) $(LF)(pack_f.o) - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -488,9 +482,7 @@ - echo ' END' >> sorting_main.dir/sorting_main.$F - cd sorting_main.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/sorting_main.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f sorting_main.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - sorting_main : sorting_main.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -500,9 +492,7 @@ - echo ' END' >> plotsubs.dir/plotsubs.$F - cd plotsubs.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/plotsubs.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f plotsubs.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - plotsubs : plotsubs.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -512,9 +502,7 @@ - echo ' END' >> modlib.dir/modlib.$F - cd modlib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/modlib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f modlib.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - modlib : modlib.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -524,9 +512,7 @@ - echo ' END' >> fftlib.dir/fftlib.$F - cd fftlib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/fftlib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done \ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f fftlib.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - fftlib : fftlib.o - $(RANLIB) $(LF) - -@@ -541,9 +527,7 @@ - echo ' END' >> unix.dir/unix.f - cd unix.dir && $(fsplit_dir)/fsplit ../unix.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \ - for i in `pwd`/*.$F; do \ -- $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\ -- && $(AR) ../$(LF) *.o -- rm -f unix.dir/*.o -+ $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done - unix : unix.o - $(RANLIB) $(LF) - |