blob: fa6b3d622192cf2943a788dd9cb0632f869ab400 (
plain)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
|
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE pkgmetadata SYSTEM "http://www.gentoo.org/dtd/metadata.dtd">
<pkgmetadata>
<maintainer>
<email>apokorny@gentoo.org</email>
<name>Andreas Pokorny</name>
</maintainer>
<herd>sci</herd>
<longdescription lang="en" >
CBCAnalyzer reads several CT-file formats (ct, RNAviz ct or Mac ct),
and generates a so called ``bracket-dot-bracket'' format that typically
is used as input for other tools such as RNAforester, RNAmovie or
MARNA. The latter one creates a multiple alignment based on primary
sequences and secondary structures that now can be used as input for
CBCDetect. CBCAnalyzer counts compensatory base changes in all against all
of the aligned sequences.
The count (distance) matrix obtained by CBCDetect is used as input
for CBCTree that reconstructs a phylogram by using the algorithm of BIONJ.
</longdescription>
<longdescription lang="de" >
CBCAnalyzer liest unterschiedliche CT-Format (ct, RNAviz ct oder Mac ct),
und generiert daraus ein sogenanntes ``Klammer-Punkt-Klammer'' Format, dass
normalerweise als Eingabe für Programme wie RNAforester, RNAmovie oder
MARNA dient. Letzteres erzeugt ein multiples Aligment primaer basierend auf der
Sequenz und sekundär basierend auf der Struktur, dies als Eingabe für
CBCDetect verwendet werden. CBCAnalyzer zählt dann kompensierende
Basiswechsel in allen Sequenzen.
Diese Zähl oder Distanzmatrix aus CBCDetect wird als Eingabe für CBCTree
verwendet, um ein Phylogram mit Hilfe des BIONJ-Algorithmus zu erzeugen.
</longdescription>
</pkgmetadata>
|
GitWeb
