Splitt out ccp4 libraries -- big thanks to dberkholz starting this project

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diff --git a/sci-libs/ccp4-libs/files/6.1.3-link-proberly.patch b/sci-libs/ccp4-libs/files/6.1.3-link-proberly.patch
new file mode 100644
index 000000000000..24a0a2d8e4a2
--- /dev/null
+++ b/sci-libs/ccp4-libs/files/6.1.3-link-proberly.patch
@@ -0,0 +1,230 @@
+--- lib/src/Makefile.in	2009-03-02 17:53:15.000000000 +0100
++++ lib/src/Makefile.in.new	2009-03-02 17:52:09.000000000 +0100
+@@ -172,9 +172,8 @@
+ 
+ ##### Makefile targets ######
+ 
+-all:  fsplit $(LMMDB) $(LC) $(LF) $(SCRIPT_MODULES)
++all:  fsplit $(LMMDB) LMMDB_SO $(LC) LC_SO $(LF) LF_SO $(SCRIPT_MODULES)
+ # maybe create shared library
+-	$(SHARE_LIB)
+ 
+ $(LC) : $(CORELIBOBJS) $(CGENERALOBJS) $(CUCOBJS) $(CMTZOBJS) $(CMAPOBJS) $(CSYMOBJS)
+ 	$(AR) $(LC) $?
+@@ -186,6 +185,27 @@
+ 	$(AR) $(LF) $(FINTERFACEOBJS)
+ 	$(RANLIB) $@
+ 
++LMMDB_SO : 
++	$(CC) $(COPTIM) -shared -Wl,-soname,libmmdb.so.0 -o libmmdb.so.0.0.0 \
++	$(MMDBOBJS) && \
++	ln -sf libmmdb.so.0.0.0 libmmdb.so.0 && \
++	ln -sf libmmdb.so.0.0.0 libmmdb.so
++
++LC_SO : 
++	$(CC) $(COPTIM) -shared -Wl,-soname,libccp4c.so.0 -o libccp4c.so.0.0.0 \
++	$(CORELIBOBJS) $(CGENERALOBJS) $(CUCOBJS) $(CMTZOBJS) $(CMAPOBJS) $(CSYMOBJS) && \
++	ln -sf libccp4c.so.0.0.0 libccp4c.so.0 && \
++	ln -sf libccp4c.so.0.0.0 libccp4c.so
++
++LF_SO : 
++	$(FC) $(FOPTIM) -shared -Wl,-soname,libccp4f.so.0 -o libccp4f.so.0.0.0 \
++	parser.dir/*.o ccplib.dir/*.o lgglib.dir/*.o plot84lib.dir/*.o \
++	libhtml.dir/*.o pxxml.dir/*.o rwbrook.dir/*.o cciflib.dir/*.o \
++	harvlib.dir/*.o keyparse.dir/*.o dna_output.dir/*.o plotsubs.dir/*.o \
++	modlib.dir/*.o fftlib.dir/*.o unix.dir/*.o pack_f.o pack_c.o $(FINTERFACEOBJS) && \
++	ln -sf libccp4f.so.0.0.0 libccp4f.so.0 && \
++	ln -sf libccp4f.so.0.0.0 libccp4f.so
++
+ # cmtz library only
+ 
+ cmtz: $(LCMTZ)
+@@ -339,9 +356,7 @@
+ 	fi
+ 	cd parser.dir && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f parser.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ parser : parser.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -351,9 +366,7 @@
+ 	echo '      END' >> ccplib.dir/ccplib.$F
+ 	cd ccplib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/ccplib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f ccplib.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ ccplib : ccplib.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -364,9 +377,7 @@
+ 	@$(SETFLAGS) ; \
+ 	cd lgglib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/lgglib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    eval $(FC) -c  $${lgglib_FLAGS-"$(FFLAGS)"} $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f lgglib.dir/*.o
++	    eval $(FC) -c  $${lgglib_FLAGS-"$(FFLAGS)"} $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ lgglib : lgglib.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -376,9 +387,7 @@
+ 	echo '      END' >> plot84lib.dir/plot84lib.$F
+ 	cd plot84lib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/plot84lib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f plot84lib.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ plot84lib : plot84lib.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -388,9 +397,7 @@
+ 	echo '      END' >> libhtml.dir/libhtml.$F
+ 	cd libhtml.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/libhtml.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f libhtml.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ libhtml : libhtml.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -400,9 +407,7 @@
+ 	echo '      END' >> pxxml.dir/pxxml.$F
+ 	cd pxxml.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/pxxml.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f pxxml.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ pxxml : pxxml.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -412,9 +417,7 @@
+ 	echo '      END' >> rwbrook.dir/rwbrook.$F
+ 	cd rwbrook.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/rwbrook.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f rwbrook.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ rwbrook : rwbrook.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -424,9 +427,7 @@
+ 	echo '      END' >> cciflib.dir/cciflib.$F
+ 	cd cciflib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/cciflib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) -I$(srcdir) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f cciflib.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) -I$(srcdir) $$i; done
+ cciflib : cciflib.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -440,9 +441,7 @@
+ 	  && $(AR) ../$(LF) *.o ; else \
+ 	cd harvlib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/harv_dummy.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	  $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) -I$(srcdir) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o ; fi
+-	rm -f harvlib.dir/*.o
++	  $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) -I$(srcdir) $$i; done; fi
+ harvlib : harvlib.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -452,9 +451,7 @@
+ 	echo '      END' >> keyparse.dir/keyparse.$F
+ 	cd keyparse.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/keyparse.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f keyparse.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ keyparse : keyparse.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -464,9 +461,7 @@
+ 	echo '      END' >> dna_output.dir/dna_output.$F
+ 	cd dna_output.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/dna_output.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -I$(srcdir) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f dna_output.dir/*.o
++	    $(FC) -I$(srcdir) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ dna_output : dna_output.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -474,10 +469,9 @@
+ #  for ipdisp. May be useful but could be moved. 
+ $(LF)(pack_c.o):   $(srcdir)/pack_c.c $(srcdir)/pack_c.h
+ 	$(CC) $(CFLAGS) $(SHARED_LIB_CFLAGS) -I$(srcdir) -c $(srcdir)/pack_c.c
+-	$(AR) $(LF) pack_c.o && rm pack_c.o
++	$(AR) $(LF) pack_c.o
+ $(LF)(pack_f.o):   $(srcdir)/pack_f.f
+-	$(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $(srcdir)/pack_f.$(F) && $(AR) $(LF) pack_f.o \
+-          && rm pack_f.o
++	$(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $(srcdir)/pack_f.$(F) && $(AR) $(LF) pack_f.o
+ pack:   $(LF)(pack_c.o) $(LF)(pack_f.o)
+ 	$(RANLIB) $(LF) 
+ 
+@@ -488,9 +482,7 @@
+ 	echo '      END' >> sorting_main.dir/sorting_main.$F
+ 	cd sorting_main.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/sorting_main.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f sorting_main.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ sorting_main : sorting_main.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -500,9 +492,7 @@
+ 	echo '      END' >> plotsubs.dir/plotsubs.$F
+ 	cd plotsubs.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/plotsubs.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f plotsubs.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ plotsubs : plotsubs.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -512,9 +502,7 @@
+ 	echo '      END' >> modlib.dir/modlib.$F
+ 	cd modlib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/modlib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f modlib.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ modlib : modlib.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -524,9 +512,7 @@
+ 	echo '      END' >> fftlib.dir/fftlib.$F
+ 	cd fftlib.dir && $(fsplit_dir)/fsplit $(srcdir)/fftlib.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done \
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f fftlib.dir/*.o
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done 
+ fftlib : fftlib.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+ 
+@@ -541,9 +527,7 @@
+ 	echo '      END' >> unix.dir/unix.f
+ 	cd unix.dir && $(fsplit_dir)/fsplit ../unix.f >/dev/null && $(RMEMPTY) && \
+ 	  for i in `pwd`/*.$F; do \
+-	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done\
+-	  && $(AR) ../$(LF) *.o
+-	rm -f unix.dir/*.o 
++	    $(FC) -c $(FFLAGS) $(SHARED_LIB_FFLAGS) $$i; done
+ unix : unix.o
+ 	$(RANLIB) $(LF)
+